O Cerrado possui uma das maiores biodiversidades do planeta. Estima-se que o bioma abrigue mais de 12 mil espécies de plantas, sendo mais de um terço considerada endêmica, ou seja, existindo apenas nessa localidade.
No Legado Verdes do Cerrado foram registradas 1.500 espécies de plantas, o que representa 12% da flora do bioma.
Em parceria com a Universidade Federal de Goiás (UFG), o Legado desenvolve um projeto de biodiversidade e endemismo, que visa mapear a diversidade de espécies encontradas na Reserva. Além disso, o levantamento e registro das espécies também ocorrem por meio de outras pesquisas em parceria com UFG, e com a participação da equipe interna do Legado.
Dentre os principais resultados, desde 2017, estão:
Maior banco de sementes do Cerrado do mundo, com 1,9 milhões de amostras de mais de 50 espécies diferentes;
60 espécies de plantas endêmicas identificadas na Reserva, ou seja, que só podem ser encontradas no Cerrado, o que representa 1.36% de todas as espécies endêmicas do bioma.
Do total de espécies de plantas catalogadas, 30 possuem propriedades para fármacos e indústria cosméticos como óleos essenciais.
Foram catalogadas 16 novas espécies, sendo que 8 estão em fase de descrição para publicação e 1 foi publicada e registrada. Essa última é a Erythroxylum niquelandense, que foi batizada com esse nome em homenagem à Niquelândia. A espécie tem propriedades utilizadas em medicamentos para o tratamento de doenças como câncer e Aids.